Deux plateformes ont été mises en place au sein de l'UMR INSERM U1122 IGE-PCV

 

  • Un Centre de Ressources Biologiques assurant la conservation et le contrôle qualité de nos ressources biologiques ainsi que de celles de nos collaborateurs ;

 

  • Et une plateforme Biostatistiques / Bionformatique assurant le stockage de 'big data' et un support analytique et méthodologique pour des procédures épidémiologiques standardisées ou ad hoc

 

Les ressources mutualisées mises à disposition via ces plateformes permettent la réalisation de projets de recherche adaptés aux besoins de nos collaborations nationales et internationales.

Post-Doctorant

Tél:

Doctorant 3ème année - Développement des études d’association pan-phénotypiques au sein de l’approche intégrative de l’étude étiologique des maladies cardiovasculaires et de leurs facteurs de risque

Tél:

Responsable des études de réplication

Tél:

Doctorant et Clinicien - Interactions gène x gène, gène x environnement et Médecine Prédictive, Préventive, Personnalisée et Participative (4P) dans l’inflammation

Tél:

Maître de Conférences des Universités

Tél: 00 33 3 83 68 21 97

Chercheur Associé

Tél:

Doctorant 1ère année - Outils biostatistiques /bioinformatiques pour une recherche de médecine personnalisée : télomères, facteur de croissance de l'endothélium vasculaire (VEGF) et molécules associées

Tél:
Email:

Gestion Administrative et Financière Université de Lorraine

Tél: 00 33 3 83 68 21 71

Professeur des Universités - Praticien Hospitalier

Tél:

Technicienne de Recherche et de Formation

Tél: 00 33 3 83 68 21 90

Doctorant

Tél:
Email:

Endocrinologiste - Clinicien

Tél:

Directeur de Recherche INSERM

Tél: 00 33 6 07 60 25

Ingénieur de Recherche

Tél: 00 33 3 83 68 21 66

Technicienne vacataire

Tél: 00 33 3 83 68 21 63

Praticien Hospitalo-Universitaire

Tél:

Doctorant 3ème année - Investigations biostatistiques/biomathématiques des interactions épistatiques pour le développement des algorithmes de prédiction du risque cardiovasculaire : de l’approche « gène candidat » au séquençage « haut débit ».

Tél:

UMR INSERM U1122; IGE-PCV

Université de Lorraine - Présidence site Lionnois

22-30 rue Lionnois
54000 Nancy

L’Unité de Recherche UMR INSERM U1122 IGE-PCV est dédiée à la détermination de la part respective des facteurs génétiques et environnementaux influençant la prédisposition aux pathologies cardio-vasculaires ainsi que de leurs interactions. De façon à identifier les marqueurs précoces, l’unité a développé une démarche axée sur des populations en apparente bonne santé et basée sur une approche génotype-phénotype intermédiaires familiale, transversale et/ou longitudinale. Cette approche méthodologique inédite intègre génomique, transcriptomique et protéomique (biologie des systèmes), dans le but d’identifier des polymorphismes fonctionnels ayant une utilité en termes préventifs et prédictifs. Elle implique une stratégie multidisciplinaire basée sur une étroite collaboration entre épidémiologistes, biochimistes, biologistes moléculaires, généticiens, biostatisticiens et cliniciens faisant partie de cette structure mais aussi sur un important réseau de collaborations. Ainsi, les travaux des chercheurs de l’unité ont permis de mettre en évidence de nouveaux biomarqueurs appartenant aux voies métaboliques impliquées dans la régulation de la pression artérielle, du métabolisme lipidique, de l’adhésion cellulaire et de l’inflammation mais aussi dans les caractéristiques anthropométriques des populations.

L’unité a également maintenu une stratégie d’adaptation constante aux nouvelles méthodologies, notamment dans le domaine des outils technologiques de génotypage à haut débit. Depuis 2007, l'approche pangénomique ou ‘genome-wide’ dans des populations pédiatriques complétant l’approche gène-candidat initiale a été développée en partenariat avec des équipes disposant de populations de réplication ou intégré des Consortia Internationaux dédiés aux études pangénomiques de grandes ampleurs. Récemment, les approches phénome entier ou ‘phenome-wide’, le séquençage à haut débit ou next-generation sequencing et l'épigénétique (EWAS) ont été intégrées à la démarche d’ensemble de l’équipe. Conscients du fait que l’évolution des technologies analytiques de génotypage va de pair avec celle des méthodologies en biostatistiques/bioinformatique et nécessite une mise à niveau régulière, les chercheurs ont suivi une stratégie de veille méthodologique et sont activement engagés dans une démarche de formation continue de façon à tenir leurs compétences à jour dans ces domaines.

Le 1er Janvier 2013 a marqué un jalon important dans l’histoire de cette équipe qui a obtenu le label UMR INSERM au sein de l'Université de Lorraine venant couronner quatorze années de recherche au cours desquelles de nombreuses collaborations nationales et internationales ont permis d’avancer avec les chercheurs de l'unité dans la connaissance de la physiopathologie cardio-vasculaire.

Un autre fait marquant est la création d’un Centre de Ressources Biologiques (CRB), rentrant dans les réseaux des biobanques au niveau National avec la ‘Coordination des Infrastructures en Sciences du Vivant’ (GIS) et au niveau Européen avec la ‘Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure’ (BBMRI), 7ème PCRD. Ce CRB constitue une plateforme IBISA et est impliqué dans le projet investissement d’avenir ‘BIOBANQUES’. Il est actuellement en cours de certification.

En 2009, les chercheurs de l’unité ont participé à la création de ‘l’European Society of Predictive Medicine’ (EUSPM) puis en 2011, ont créé ‘l’European Society of Pharmacogenomics and Theranostics’ (ESPT).

Enfin depuis 2002, l'Equipe organise tous les 2 ans, à Santorin, en Grèce, une conférence sous le nom de "Santorini Conference" ((www.santoriniconference.org) sur le thème de la Pharmacogénomique. Cette conférence attire autour de 200 chercheurs venus du monde entier. 

1. Plateforme « -omiques

Nous avons adossé, en 2014, au CRB une plateforme mutualisée de Biostatistiques/Bioinformatique d’exploitation de données « -omiques » pour répondre aux avancées méthodologiques et technologiques comme le NGS et pour  assurer la sécurité des données du CRB IGE-PCV ainsi que la rapidité et la performance des analyses à grande échelle caractéristiques des Consortia auxquels nous participons.

2. Collaborations Internationales

Nous avons mis sur pied des partenariats avec des équipes spécialisées et des réseaux collaboratifs avec des cohortes de grande envergure comme :

  • la cohorte Framingham « National Heart Lung and Blood Institute » -NHLBI- (Framingham, Boston, Etats Unis), S. Seshadri sur le VEGF, depuis 2010 ;
  • la cohorte  LifeLines (Pays Bas), B. Alizadeh sur le VEGF et les molécules d’inflammation, depuis 2013.

3. Consortia

Nous avons intégré des grands consortia Internationaux disposant des compétences complémentaires et de populations de réplication :

  • Le Consortium « MAGIC (Meta-Analyses of Glucose and Insulin-related traits Consortium) », depuis 2008 ;
  • Le consortium “CHARGE (Cohorts for Heart and Aging Research in Genomic Epidemiology)” – Inflammation working group”, (Behrooz Alizadeh), depuis 2013.
  • Le “Social Science Genetics Association Consortium for Reproductive Behavior”, University of Groningen, Jornt Mandemakers et Nicola Barban, depuis 2013;
  • Le “Global Burden of Metabolic Risk Factors of Chronic Diseases Collaborating Group (NCD Risk Factor Collaboration - NCD-RisC)”, depuis 2014.

4. Consortium VEGF

Nous avons crée le consortium VEGF - « Vascular endothelial growth factor European Genomic Federation » consortium-, en 2015, réunissant, sous le ‘leadership’ du Directeur de l’Unité, 14 partenaires proviennant de 7 pays différents (incluant les USA ) avec une expertise scientifique mondialement reconnue dans des domaines différents, mais complémentaires au VEGF.

 

 

UMR U1122; IGE-PCV – Manifestations scientifiques internationales

1. L’UMR INSERM U1122; IGE-PCV organise sa bi annuelle 9ème ‘conférence de Santorin’ intitulée "Systems Medicine Personalised Health and Therapy – The Odyssey from Hope to Practice” à Santorin, Grèce, du 30 Septembre au 3 Octobre 2018 (http://santoriniconference.org/).

Le but de cette conférence est de rassembler des chercheurs académiques et de l'industrie pharmaceutique et biotechnologique, des spécialistes en médecine de laboratoire, des pharmacologues, des cliniciens, des généticiens, des pharmaciens d'hôpitaux et des épidémiologistes pour discuter de la façon dont la variabilité dans le génome humain, dans la protéine exprimée et dans les métabolites circulatoires peut être utile et utilisée pour :

  • La prévision des risques, en particulier cette fois, pour les maladies cardio-métaboliques et le cancer ...
  • L’évaluation des risques environnementaux: dépistage des réponses individuelles à la nutrition, l'alcool, le tabac, l'exercice et les habitudes de vie.
  • La pharmacogénomique: mesurer les réponses individuelles aux médicaments, y compris les interactions avec des composés endogènes.

Le contenu scientifique est très orienté vers le passage et la traduction des résultats des chercheurs en médecine personnalisée et en pharmacogénomique.

Nous avons bâti un programme scientifique très attrayant autour de : 9 sessions, 1 session pour les jeunes chercheurs et 1 table ronde concluant sur le future de la médicine de précision rassemblant des leadeurs de programmes européens phares en médecine personnalisée.

Comme les fois précédentes, un effort est fait en direction des jeunes chercheurs et cliniciens afin de leur permettre de présenter leurs travaux.  Selon la qualité scientifique des résumés reçus, jugée par le comité scientifique de la conférence, qui est composé de chercheurs de très haut niveau, certains seront sélectionnés pour communication orale dans la session dévolue. De plus un nombre important de résumés sera présenté en communication affichée. Deux prix ‘Gérard SIEST’ seront également attribués pour récompenser les 2 « meilleurs » posters.

2. Ayant le « leadership » du VEGF – Consortium (www.vegfconsortium.org ), réunissant 14 experts des domaines «-omiques», de l'épidémiologie, des algorithmes, de la prédiction, de la prévention, de l’implémentation clinique, des produits diagnostiques, y compris la commercialisation, nous organisons le 4éme colloque du Consortium en Septembre 2017. Un des résultats de ce consortium et de ses réunions annuelles a été la mise en place d’une cotutelle de PhD entre l’Université de Lorraine et  l’Université de Groningen, Pays Bas.

3. Dans le cadre de la société ‘ESPT - European Society of Pharmacogenomics and Personalised Therapy -  (www.esptnet.eu) qui aide à diffuser les résultats, la stratégie et l’expertise de l’Unité et à sensibiliser les décideurs de santé, les scientifiques, les cliniciens et la population générale, nous organisons la 4ème Conférence de la société en Octobre 2017 : « Pharmacogenomics and Personalised Medicine: research progress and clinical implementation », 4 -7 Octobre à Catania, Italie.  Une 4ème école d’été (biannuelle) de ESPT est en cours de construction. ESPT atteint aujourd’hui 1500 membres, représentant plus de 30 pays non limités à l’Europe et avec des liens étroits avec plus de 20 industriels des domaines de biotechnologie et du diagnostic, du médicament et des technologies de l’information.

4. Dans le cadre du projet HORIZON 2020 (H2020 MSCA-RISE-2015) « MAST4HEALTH » (Mastic treatment for Healthy obese with NAFLD diagnosis), coordonné par Georges DEDOUSSIS ayant bénéficié du titre ‘Professeur invité’ à l’Université de Lorraine, plusieurs échanges de chercheurs en doctorat entre Institutions et Industrie sont en cours.

Malgré une connaissance avancée du génome humain et de centaines de gènes candidats polymorphes, un faible pourcentage de la variabilité génétique des facteurs de risque cardio-vasculaire a été expliqué et un nombre très restreint de SNPs a été proposé en prévention ou prédiction cardio-vasculaire. Par ailleurs, vu l’efficacité discutable d’un grand nombre de stratégies de prévention des pathologies cardio-vasculaires basées sur la diminution des facteurs de risque classiques, il est urgent de rechercher et d’étudier de nouveaux marqueurs de risque parmi lesquels les facteurs génétiques représentent une cible majeure. Cependant, la recherche des facteurs de prédisposition aux pathologies fréquentes du système cardiovasculaire nécessite une approche globale et complexe comprenant, bien sûr, des analyses génotypiques mais aussi la mesure de facteurs environnementaux et de phénotypes intermédiaires pertinents. La démarche classique de l’approche gène candidat, bien qu’elle soit indispensable, souffre de limitations évidentes. En particulier, elle s’est majoritairement fondée sur une définition uniquement clinique du phénotype (la maladie). Or l’homogénéité clinique d’une pathologie multifactorielle n’a aucune raison de refléter une homogénéité physiopathologique et encore moins une homogénéité génétique. Par ailleurs, nous constatons que 1) les effets biologiques des gènes et de leurs produits ainsi que leurs variations chez le sujet sain, dans les conditions physiologiques, sont encore mal connues ; 2) les études s’intéressent à un cycle métabolique ou à un gène/ une molécule indépendamment des autres.

Ceci nous amène à proposer une démarche avec une approche complémentaire et parallèle aux études cas-témoins qui peut être qualifiée de 'déductive', c’est-à-dire allant du gène à la maladie et consistant à se concentrer sur des voies métaboliques, et par conséquent, sur des ensembles cohérents de gènes et de phénotypes intermédiaires dont la variabilité pourrait influencer la prédisposition à la maladie. Cette démarche nécessiterait deux types d’études. Premièrement, une étude chez des sujets sains qui permettrait, sans l’influence de la pathologie et/ou du traitement de comprendre les mécanismes de régulation de l’effet des gènes puis deuxièmement, des études cas-témoins qui permettraient, suite à l’application des conclusions de la première étape, de proposer des marqueurs pertinents en prévention et prédiction cardio-vasculaire.

Ainsi, l’objectif général de notre Programme de Recherche est de faire progresser la connaissance des mécanismes impliqués dans les pathologies du système cardio-vasculaire grâce à une approche intégrée, allant du génotype au phénotype en passant par le phénotype biologique et sans oublier bien évidemment les facteurs d’environnement. Nous nous focaliserons plus particulièrement sur les gènes codant pour les molécules d’adhésion et d’inflammation sans pour autant négliger des voies métaboliques dont l’importance dans l’athérosclérose est bien établie : le métabolisme lipidique, la régulation de la tension artérielle, la coagulation, le métabolisme de l’homocystéine et les systèmes antioxydants.

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