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Biostatistiques / Bioinformatique

Missions

>>> La compréhension des mécanismes impliqués dans la physiopathologie des maladies multifactorielles liées au vieillissement reposent sur l’exploitation efficace d’une quantité importante de données expérimentales hétérogènes : biologiques, cliniques, protéomiques, génomiques, épigénomiques, transcriptomiques.

>>> Les méthodologies impliquées dans l’extraction des informations critiques contenues dans de tels sets de données nécessitent des capacités d’analyse à haut débit et une veille méthodologique constante.

>>> Le rôle de la Plateforme installée au sein de l’UMR INSERM U1122 IGE-PCV est d’assurer un service de biostatistique, biomathématique et bioinformatique flexible et adapté aux dernières avancées techniques et épidémiologiques

 

 

Domaines d’expertise

>>> Management et stockage des données

  • Maintenance de bases de données intégratives
  • Gestion et extension des bases de données cliniques
  • Gestion des ressources informatiques (serveurs, espaces de stockage, bases de données, logiciels) au sein du CRB IGE-PCV
  • L’augmentation des capacités informatiques en termes de puissance de calcul  et de stockage de données

 

>>> Méthodologies biostatistiques et mathématiques

  • Plans d'expérience dans la recherche de biomarqueurs associés aux maladies du vieillissement, protocoles d’étude intégrative de l’héritabilité manquante
  • Statistiques descriptives et inférentielles.
  • Méthodes exploratoires. ACP/AFC. Méthodes statistiques multivariés. Modèle de régression.
  • Analyse des données issues des séquenceurs à haut-débit génome et exome entier
  • Analyses panphénotypiques
  • Sélection et la validation / développement / intégration d’outils logiciels pour l’acquisition, l’analyse et l’aide à l’interprétation des résultats
  • Stratégie de hiérarchisation des gènes par leur pertinence dans les mécanismes physiologiques des maladies du vieillissement
  • Utilisation de bases de données de ressources publiques dans les stratégies in silico : NCBI, dbSNP, HugeNavigator, Hapmap, UCSC, 1000Genome

 

 

Contacts :

>>> Sophie VISVIKIS-SIEST  – Responsable scientifique

>>> Maria STATHOPOULOU – Co-responsable opérationnel / Animation technique